SNP芯片开发及其在畜禽遗传育种中的应用研究进展

doi:10.19543/j.cnki.1673-4556.20260428.005

中国畜禽种业 ›› 2026, Vol. 22 ›› Issue (5): 61-69.doi: 10.19543/j.cnki.1673-4556.20260428.005cstr: 32418.14.j.cnki.1673-4556.20260428.005

SNP芯片开发及其在畜禽遗传育种中的应用研究进展

程瑞琦¹^,²(), 周华倩¹^,², 杨华¹(), 杨永林¹, 余乾¹, 张文喆¹, 陈岩¹, 赵宗胜², 崔蕾³, 马春萍³

^1. 新疆农垦科学院/省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室，新疆石河子 832099
^2. 石河子大学动物科技学院，新疆石河子 832003
^3. 第六师畜牧水产发展服务中心，新疆五家渠 236699

收稿日期:2025-10-30 出版日期:2026-03-26 发布日期:2026-06-17
通讯作者: 杨华 E-mail:1825491933@qq.com;yhxjcn@sina.com
作者简介:
程瑞琦（2001—），女，硕士研究生，研究方向为动物遗传育种与繁殖，E-mail：1825491933@qq.com。
基金资助:
新疆维吾尔自治区“天山英才”培养计划(2022TSYCCX0122); 国家自然科学基金(32360818); 自治区肉毛兼用绒毛用羊品种选育提升计划(2025XJRMY-03); 第六师五家渠市科技计划项目(2506)

Research progress on SNP chip development and its application in livestock and poultry genetic breeding

Ruiqi Cheng¹^,²(), Huaqian Zhou¹^,², Hua Yang¹(), Yonglin Yang¹, Qian Yu¹, Wenzhe Zhang¹, Yan Chen¹, Zongsheng Zhao², lei Cui³, Chunping Ma³

^1. Xinjiang Academy of Agricultural and Reclamation Science, State Key Laboratory of Sheep Genetic Improvement and Healthy Production, Shihezi, 832099, Xinjiang
^2. College of Animal Science and Technology, Shihezi University, Shihezi, 832003, Xinjiang
^3. XinjiangAnimal Husbandry and Fishery Development Service Center of the 6th Division, Wujiaqu, 236699, Xinjiang

Received:2025-10-30 Online:2026-03-26 Published:2026-06-17
Contact: Hua Yang E-mail:1825491933@qq.com;yhxjcn@sina.com

摘要/Abstract

摘要：

SNP芯片是一种高通量检测基因组中遗传变异的工具，具有检测效率高、分型准确等优势，在畜禽育种中具有广阔的应用前景。研究人员已研发出多种SNP芯片，在畜禽遗传育种、品种改良、种质保护等方面提供重要的基因组水平分析方法。该文综述了SNP芯片的发展及其在畜禽种质资源鉴定、遗传多样性分析等重要领域的应用等方面内容。研究表明，随着SNP芯片密度从低密度向中高密度发展，其在全基因组范围内捕获遗传变异的能力不断提升，为精准鉴定畜禽品种、评估遗传纯度和检测品种混杂提供了可靠手段。同时，基于SNP芯片的全基因组关联分析（GWAS）和基因组选择（GS）技术，能够快速定位与生长、繁殖、抗病等经济性状相关的关键基因和分子标记，显著提高选种的准确性和育种效率。综上，SNP芯片已成为畜禽基因组研究和分子育种的重要平台。

关键词: SNP芯片, 遗传育种, 畜禽

Abstract:

Single nucleotide polymorphism (SNP) chips are high-throughput tools for detecting genetic variations in the genome. With the advantages of high detection efficiency and accurate genotyping, they exhibit broad application prospects in livestock and poultry breeding. Researchers have developed a variety of SNP chips, which provide important genome‑wide analytical methods for genetic breeding, breed improvement, and germplasm conservation of livestock and poultry.This paper reviews the development of SNP chips and their applications in key fields such as germplasm identification and genetic diversity analysis. Studies have shown that with the increase in SNP chip density from low to medium and high, their ability to capture genetic variations at the genome‑wide level is continuously improved, providing a reliable approach for accurate breed identification, genetic purity evaluation, and breed admixture detection.In addition, genome‑wide association study (GWAS) and genomic selection (GS) based on SNP chips can rapidly identify key genes and molecular markers associated with economically important traits including growth, reproduction, and disease resistance, thereby significantly improving the accuracy of selection and the efficiency of breeding.In conclusion, SNP chips have become an important platform for genomic research and molecular breeding in livestock and poultry.

Key words: SNP chip, Breeding, Livestock and poultry

中图分类号:

程瑞琦, 周华倩, 杨华, 杨永林, 余乾, 张文喆, 陈岩, 赵宗胜, 崔蕾, 马春萍. SNP芯片开发及其在畜禽遗传育种中的应用研究进展[J]. 中国畜禽种业, 2026, 22(5): 61-69.

Ruiqi Cheng, Huaqian Zhou, Hua Yang, Yonglin Yang, Qian Yu, Wenzhe Zhang, Yan Chen, Zongsheng Zhao, lei Cui, Chunping Ma. Research progress on SNP chip development and its application in livestock and poultry genetic breeding[J]. Chinese Livestock and Poultry Breeding, 2026, 22(5): 61-69.

图/表 5

图1

表1

表2

表3

表4

参考文献 44

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2016	GGP Bovine 100K	100	固相芯片	Neogen公司	奶牛和肉牛的遗传评估、选育等	[33]
2023	Cattle110K	110	液相芯片	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所李俊雅团队	肉牛的遗传改良	[34]
2025	相牛1号	10	液相芯片	内蒙古民族大学吴江鸿教授团队联合内蒙古牧业技术推广中心	基因检测和遗传资源鉴定等	[35]

年份Year	芯片名称 Chip name	密度Density/K	类型Types	研发单位或团队 Research institution or team	用途 Purpose	参考文献References
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2011	Illumina Chicken 60K SNP BeadChip	60	固相芯片	瓦赫宁根大学、华盛顿大学医学院等机构	鸡的全基因组关联研究和基因组选择育种等。	[37]
2017	京芯一号	50	液相芯片	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所赵桂苹团队	肉鸡全基因组选择	[38]
2024	京芯一号mini	10	液相芯片	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所赵桂苹团队	肉鸡的基因组育种	[39]

年份Year	芯片名称 Chip name	密度Density/K	类型 Type	研发单位或团队 Research institution or team	用途 Purpose	参考文献References
2021	猪50 K液相芯片	50	液相芯片	中国农业大学丁向东研究团队	遗传分析和分子育种	[40]
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2023	皖芯1号	50	液相芯片	安徽农业大学猪遗传育种创新团队与博瑞迪生物技术有限公司	地方猪的基因精准鉴定及重要性状基因的挖掘利用等	[42]
2023	皖芯2号	50	液相芯片	安徽农业大学猪遗传育种创新团队与博瑞迪生物技术有限公司	瘦肉型种猪全基因组关联分析和基因组选择育种	[42]
2024	中芯一号	100	固相芯片	温氏食品集团股份有限公司与苏州拉索生物芯片科技有限公司	家猪基因组育种	[43]
2024	PorcineWENS 100K	100	固相芯片	温氏食品集团股份有限公司与苏州拉索生物芯片科技有限公司	进行基因组选择，提高育种效率	[44]

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2024	皖羊1号	50	液相芯片	安徽农业大学凌英会教授联合北京康普森农业科技有限公司	山羊全基因组选择育种、全基因组关联分析、血统渗入及亲缘关系鉴定等	[29]
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