中国畜禽种业 ›› 2021, Vol. 17 ›› Issue (11): 37-40.

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海南黑山羊GH1基因nsSNPs功能性预测及生物信息学分析

管凇, 周汉林*, 徐铁山, 孙卫平, 胡海超   

  1. 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 571101
  • 出版日期:2021-11-26 发布日期:2021-12-07
  • 通讯作者: *周汉林(1971-),男,湖北省人,研究员,硕士,研究方向:动物营养与饲料科学。
  • 作者简介:管凇(1979-),女,云南省宣威市人,助理研究员,硕士,研究方向:动物遗传育种。
  • 基金资助:
    中国热带农业科学院中央级公益型科研院所基本科研业务费专项(1630032019029)

  • Online:2021-11-26 Published:2021-12-07

摘要: 为了研究海南黑山羊生长性状的分子遗传信息,试验利用GH1基因筛选可能影响海南黑山羊生长性状的功能性突变位点。结果表明在GH1基因外显子1、2、3、4区域共检测到10个SNP位点,有4个错义突变,6个为同义突变。第一外显子350bp处发生的G→A导致氨基酸由原来的甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser),第二外显子739bp处发生G→A突变导致氨基酸由原来甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser),第三外显子1101bp处发生A→G突变导致氨基酸由原来天冬氨酸(Asp)变为甘氨酸(Gly),第三外显子1154bp处发生C→T突变导致氨基酸由原来精氨酸(Arg)变为色氨酸(Trp)。利用生物信息学方法对nsSNPs进行功能性预测、并进行mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构进行分析和建模,预测到Exon2-739G→A(G85S),Exon3-1120G→A(D129G)、Exon3-1154C→T(R147W)3个突变位点属于有害突变,对蛋白功能有较大影响,可能是导致海南黑山羊个体矮小,生长缓慢的功能性SNP。

关键词: 海南黑山羊, nsSNPs, 错义突变, 生长性状, 个体矮小, 作用机理, 生物信息学

[1] Zhang M Z,Huang C,Wang Z Y, et al.In silico analysis of non-synonymous single nucleotide polymorphisms(nsSNPs)in the human GJA3 gene associated with congenital cataract[J].BMC Mol Cell Biol,2020,21(1):12.
[2] 王全,鲁雅洁,曹新.人肌球蛋白7A基因非同义单核苷酸多态性位点潜在致聋突变的预测分析[J].生物技术通讯,2016,27(6):743-751
[3] 郝文文,张贝,任一帆,等.鸡StAR基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析[J].河北科技师范学院学报,2019,33(3):1-8.
[4] 郝文文,杨倩倩,张贝,等.鸡BCO2基因功能性单核苷酸多态性的生物信息分析[J].家禽科学,2019(4):17-21
[5] Wang Z Y,Huang C, et al.In silico analysis and high-risk pathogenic phenotype predictions of non-synonymous single nucleotide polymorphisms in human Crystallin beta A4 gene associated with congenital cataract[J].PLoSOne,2020,15(1):e0227859.
[6] Arifuzzamanm,Mitras,Dasr,et al. In silico analysis of non-synonymous single-nucleotide polymorphisms(nsSNPs) of the SMPX gene[J]. Ann Hum Genet,2020,84(1):54-71
[7] SPENCERGSG, DECUYPEREE, BUYSEJ, et al. Effect of recombinant human insulin-like growth factor-II on weight gain and body composition of broiler chickens[J].Poult Sci,1996,75(3):388-392
[8] GUTTULAPK, CHANDRASEKARANG, GUPTAM K.Screen ing and insilico analysis of deleterious nsSNPs(missense) in human CSF3 for their effects on protein structure, stability and function[J].Comput Biol Chem,2019,82:57-64.
[9] MUSTAFA H A, ALBKRYE A M S,ABDALLA BM, et al. Computational determination of human PPARG gene: SNPs and prediction of their effect on protein functions of diabetic patients[J].Clin Transl Med,2020,9(1):e7
[10] CAPRIOTTI E,CALABRESE R,CASADIO R.Predicting the insurgence of human genetic diseases associated to single point protein mutations with support vector machines and evolutionary information[J].Bioin formatics,2006,22(22):2729-2734.
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